一般染色之标本，应立即观察，因当时荧光显著；若不能马上观察，须储存于干燥盒(Polyethylene Bag) 内，有时在0～5℃ 储存，可保存一个月左右，仍可呈现特异荧光。
在荧光显微镜之紫外线照射下，染出之特异性荧光会很快消失，故要照相存证者，须于材料新鲜时染色，并马上照相，才会有好效果。若使用自动相机拍照，则底片以Kodacolo r(ASA 100) film 为宜，仪器则设定为ASA 400，照完后送洗时应指定以ASA 400 冲洗。以此相片再使用适当之正片底片(Kodak#5072) 照相，此时应改变不同曝光时间的长短而选好的片子。
荧光显微镜所看到的荧光图像,一是具有形态学特征,二是具有荧光的颜色和亮度,在判断结果时,将二者结合起来综合判断。结果记录根据主观指标,即凭工作者目力观察。
作为一般定性观察,基本上可靠的。随着技术科学的发展,在不同程度上采用客观指标记录判断结果,如用细胞分光光度计,图像分析仪等仪器。但这些仪器记录的结果,也结合主观的判断。
荧光显微镜摄影技术对于记录荧光图像十分必要,由于荧光很易褪色减弱,要即时摄影记录结果。方法与普通显微摄影技术基本相同。只是需要采用高速感光胶片如ASA200以上或24以上。因紫外光对荧光猝灭作用大,如FITC的标记物,在紫外光下照射30s,荧光亮度降低50%。所以,曝光速度太慢,就不能将荧光图像拍摄下来。
一般研究型荧光显微镜都有半自动或全自动显微摄影系统装置CCD显微镜摄像头或CMOS显微镜摄像头。
